A Embraer mantém investimentos significativos no desenvolvimento do seu Sistema Integrado de Gestão do Meio Ambiente, Saúde e Segurança no Trabalho e Qualidade, denominado internamente de SIG-MASSQ.

Trata-se de um conjunto de atividades e procedimentos com âmbito corporativo, que assegura que a Embraer atende plenamente aos requisitos de seus clientes e da Sociedade, de forma estruturada e comprovada por entidade externa reconhecida internacionalmente, a ABS Quality Evaluations.

Desde 1996 a Embraer é certificada pela norma ISO 9001. Em 2003 a Embraer foi recomendada para certificação pela norma AS-9100, equivalente à ISO 9001, porém contendo requisitos adicionais específicos da indústria aeroespacial. A Embraer é certificada desde 2002 pelas normas ISO 14001 e OHSAS 18001, tendo sido a primeira indústria aeronáutica a conquistar esse feito.